GERD的特殊之处在于反流物可到达咽部时，形成细微颗粒或雾状物体，从而被喷入喉头，以至吸入气管、支气管和肺部，导致严重的咳嗽、咯痰和呼吸困难。GERD可继发癌前病变（所谓Barrett's食管）则是发生食管腺癌的危险因素，由其所引起的消化不良症候群则不言而喻。

　　因而在诊断时除应将烧心和反酸列为GERD的典型症状外，还必须寻求其不典型的表现，也即所谓食道外症状，如慢性咳嗽、声音嘶哑、咽部异物感、打鼾、夜间窒息或进食不当时诱发的发作性呼吸困难以及哮喘样发作等表现。

　　精确的诊断方法有食管动力测定法，可以明确食管下端（也包括上端）括约肌是否松弛和食管蠕动功能是否低下；24小时食管酸度连续监测法可以明确在直立和仰卧位时反流的次数（pH<4的次数）、最长反流时间和该反流确切发生于何时（夜间某时）以及评分结果（正常在22以下，高者可达80以上）；胃镜检查可以明确有否食管炎及其严重程度，并除外（或发现）胃肿瘤、溃疡和膈疝等病变；多频道腔内阻抗（MII）检查结合食管酸度测定，可发现一种更难诊断和治疗的非酸性食道反流。