中医上讲肾为先天之本，脾胃为后天之本，脾胃的强弱与人身体的健康、疾病有着密切的联系，并且脾胃为人体气机升降出入之枢纽，起着化生气血，输送精微，滋养脏腑的功能，并且对于维持各脏腑功能至关重要。由于脾胃在人体中的重要作用，补中益气丸不仅仅作为脾胃科的常用药，并且可以广泛用于多系统，多疾病的治疗，根据临床经验，此方对下列疾病有一定疗效。

消化系统疾病：用于治疗腹泻型肠易激综合征，可有效改善腹泻、腹痛症状；有效改善慢性腹泻脾虚证患者大便性状，减少排便次数 ; 并对腹泻伴随的腹痛、食欲不振、倦怠乏力、脘腹痞满等症状有一定疗效。

呼吸系统疾病：用于治疗慢性阻塞性肺疾病( COPD) 缓解期患者，常与参苓白术丸联合应用，能有效提高患者生活质量，改善肺通气功能，提高患者的生存质量，具有较好的近期与远期疗效。辅助抗生素治疗呼吸道感染，可提高老年社区肺炎的治愈率，减少抗生素治疗呼吸道感染的耐药性，增强抗生素的疗效;并发现这可能与提高患者机体免疫力、调节免疫炎症因子有关。免疫力的提高能有效预防老年人反复呼吸道感染，减少呼吸道感染频率。

妇科疾病：可用于中气下陷所致的子宫脱垂等妇科疾病。

 中医治疗讲求异病同治，即对不同的疾病采用同一治法，主要是为疾病发生的病机一致，如果见到因脾胃虚弱导致的疾病也可以考虑用补中益气方进行治疗，并不局限于以上所列的几种疾病。